Es obligatorio el uso de la factura electrónica cuando las mismas tengan un importe superior a 5.000 euros. Igualmente está obligado a presentar este tipo de factura cualquier proveedor que haya emitido una factura electrónica con anterioridad, cualquiera que sea el importe de la nueva. 

El resto de facturas pueden seguir presentándose en formato papel de la manera habitual.

El Punto General de Entrada de Facturas Electrónicas de la Comunidad Autónoma de Andalucía está disponible para las personas y entidades proveedoras, y permite la presentación automatizada de facturas electrónicas por los sistemas informáticos de gestión de dichas personas y entidades, así como la presentación manual de facturas previamente generadas con alguna aplicación informática de escritorio. En todos los casos, las facturas deberán ser conformes a lo indicado en el documento "Adaptación del formato FACTURAe en la Junta de Andalucía" que estará publicado en dicho Punto. Las personas y entidades proveedoras también pueden consultar el estado de sus facturas presentadas, así como solicitar la anulación de una factura.